El académico investigador de la Facultad de Ingeniería y Negocios, Dante Travisany, es uno de los profesionales que ha estado involucrado directamente con Consorcio Genomas CoV-2, respuesta de la comunidad académica y de salud para enfrentar la pandemia COVID-19.

Esta iniciativa reúne a equipos de investigación de diversos centros de excelencia y universidades del país con conocimiento en genómica, bioinformática, virología y epidemiología, quienes se han coordinado con el objetivo de crear un repositorio nacional de muestras de material genético del virus SARS-CoV-2. y una plataforma informática que procesa, recopila y almacena las secuencias de los genomas del virus obtenido en Chile.

A través de esta plataforma online, se pone a disposición de la comunidad científica y la sociedad, los análisis filogenómicos (de parentesco por secuencias) derivados de las secuencias obtenidas.

“Esta herramienta nos permite identificar si cada genoma del virus secuenciando en Chile corresponde a una variante nueva o a una que ya era conocida en el mundo; podemos saber si el ingreso es de Asia, Estados Unidos, Brasil u otra parte del mundo. Este trabajo lo pusimos a disposición de las autoridades de Salud, pero nos costó mucho que nos tomaran en cuenta al comienzo porque la vigilancia genómica no era una prioridad, sino que estaban enfocados en la vacuna”, afirma el académico.

Sobre el funcionamiento de la plataforma online, Travisany explica que la comunidad puede manipular datos muy importantes recopilados de los genomas chilenos del virus filtrando por localidad, linaje o fecha de muestra. Esto permite contextualizar la información genómica del virus y la distribución de las variantes a lo largo de Chile.  .

Sobre el ingreso de nuevas variantes, el investigador explicó que “la plataforma se actualiza todos los viernes, por lo que las estadísticas van a ir cambiando, sobre todo con el ingreso de la nueva variante Delta a nuestro país. En un futuro cercano, si se fortalece el plan de vigilancia genómica, como lo dijo hoy el ministro Enrique Paris, podríamos estar actualizando la página incluso diariamente”.

Toma de muestras de las variables y la relevancia de los datos de cara al control de la pandemia

Con respecto al primer punto, el académico explicó que “el ISP ha secuenciado más del 80% de los genomas y hay muchas universidades con más de 30 laboratorios disponibles para complementar la vigilancia.  Se toma la muestra de un paciente (PCR) donde se obtienen datos adicionales como sexo, edad, fecha y lugar donde se tomó la muestra o si fue contacto de una persona que estuvo afuera del país. Luego, se obtiene la secuencia del ARN del virus, se digitaliza y la comparamos con la primera secuencia genómica reportada, que fue obtenida en Wuhan, China. Además comparamos con una base de datos de más de 2 millones de secuencias disponibles a nivel mundial”.

“Ahí vemos las diferencias que existen o los cambios de una secuencia u otra. De esa manera podemos identificar todas las variaciones que ha tenido con respecto a la original y si es que las otras bases de datos ya identificaron la variante”, agregó.

Sobre la importancia de conocer la secuencia genómica de las distintas variantes, Travisany explicó que es tan importante como una vacuna y se pueden nombrar tres motivos relevantes: poder mantener una permanente vigilancia respecto de las variantes que circulan en Chile y conocer la evolución del virus a medida que se transmite en la población; saber si algunas variantes del virus, que hayan sufrido mutaciones en su material genético, cambien las características o el comportamiento del virus y finalmente identificar si es posible que algunas variaciones en la secuencia del RNA viral, afecten la capacidad de detectar su presencia con los sistemas de diagnóstico vigentes (PCR) o en desarrollo (test de anticuerpos).

“Es importante que nos demos cuenta a tiempo si surgen variaciones en el genoma viral que puedan hacer menos efectivos estos test o las vacunas que se están distribuyendo en nuestro país”, cerró el académico.